Prehltnutá potrava prechádza cez hltan a pažerák do žalúdka. Tu sa pomocou enzýmov a kyslého prostredia natrávi. Tým sa uľahčí ďalšie trávenie a vstrebávanie jednotlivých zložiek v črevách.
Medzi pažerákom a žalúdkom sa nachádza dolný pažerákový zvierač, ktorý bráni spätnému prechodu kyslého obsahu žalúdka do pažeráka (gastroezofageálnemu refluxu). Sliznica pažeráka nie je prispôsobená na kyslý obsah žalúdka, poškodila by sa. Kašeľ je len jedným z príznakov gastro-ezofageálneho refluxu.
Za fyziologických okolností sa dolný ezofágový zvierač otvára pri prechode potravy do žalúdka. Potom sa uzavrie, tzn. Nevzniká reflux.
Fajčenie, pitie čiernej kávy, niektoré potraviny (čokoláda, paradjková šťava,...) a lieky (beta-blokátory, blokátory vápnikových kanálov, nitráty a estrogény) znižujú tlakový gradient dolného ezofágového zvierača a zvyšujú riziko vzniku refluxu.
Ezofagitída (zápal sliznice pažeráka), chirurgické zákroky na pažeráku (balónová dilatácia pažeráka, resekcia žalúdka), ochorenia ako scleroderma, obezita, tehotenstvo, ascites a priliehavé oblečenie sa tiež podieľajú na vzniku refluxu.
Pri gastroezofageálnom refluxe sa kyslý obsah žalúdka posúva orálnym smerom. Prejavuje sa pálivou bolesťou za hrudnou kosťou, nevoľnosťou, grganím, kašľom, bolesťou hrdla a zvýšeným výskytom zubného kazu.
Ak sa tento stav nelieči, vedie k zápalu a poškodeniu sliznice pažeráka.